Kekkei Genkai sind spezielle Fähigkeiten, die von verschiedenen Clans vererbt werden. Diejenigen mit einem Kekkei Genkai erhalten Fähigkeiten, die ihnen im Kampf große Vorteile verschaffen, da ihre Fähigkeiten teilweise abnormal sind gegenüber normalen Ninja. Kekkei Genkais können nicht kopiert oder erlernt werden, da es sich um ein bestimmtes Gen in der DNS handelt, dass nur vererbt werde kann.
Bedeutung der Kekkei Genkai früher Früher, vor allem im Wasserreich, fanden viele Bürgerkriege statt. Diejenigen mit einem Kekkei Genkai wurden sehr häufig eingesetzt, um die Kriege zu beenden. Auf Grund ihrer besonderen Fähigkeiten war das für sie auch kein Problem, jedoch wurden sie bald von den anderen Menschen als eine Art Unheilsomen angesehen, da es hieß, sie würden immer nur den Krieg bringen. Auch bekamen die meisten Menschen Angst vor denen mit einem Kekkei Genkai. Da ihre Fähigkeiten im Vergleich zu denen eines normalen Menschen abnormal waren, wurden sie oft für Monster gehalten. Aus diesen Gründen wurden sehr häufig Menschen mit Kekkei Genkais getötet. Im Laufe der Zeit änderte sich die Einstellung zu Menschen mit einem Kekkei Genkai. Sie wurden vor allem in den großen Shinobi-Dörfern hoch angesehen, da sie auch schwierige Missionen erledigen und das Dorf gut beschützen konnten. Doch auch heute noch werden in vereinzelten Landstrichen Menschen mit Kekkei Genkais aus Angst vor ihnen getötet
Verschiedene Kekkei GenkaisDas SharinganDas Sharingan ist ein Dou-Jutsu und das Kekkei Genkai des Uchiha-Clans. Der Uchiha-Clan ist durch das Sharingan in der Lage, Nin-Jutsu, Gen-Jutsu und Tai-Jutsu perfekt zu analysieren und zu kopieren. Auch kann der Anwender des Sharingan extrem schnell Bewegungen erkennen. Das Mangekyou Sharingan ist eine verbesserte Form des Sharingan, die man allerdings nur erlernt, wenn man seinen besten Freund tötet (ist jedenfalls der einfachste Weg zu diesem Level). Anders als bei den meisten Kekkei Genkais hat das Sharingan verschiedene Stufen. Je höher die Stufe, desto mehr und bessere Fähigkeiten. Die Stufe ist an der Anzahl der Tomoe abzulesen. Sobald diese verschmelzen, handelt es sich um ein Mangekyou Sharingan (die höchste Stufe).
Durch das Sharingan wurde der Uchiha-Clan sehr hoch in Konohagakure angesehen und sogar als Elite eingestuft. Später jedoch wurde dieser Clan von Itachi Uchiha ausgerottet, und nur er und sein kleiner Bruder Sasuke Uchiha überlebten. Kakashi Hatake ist kein Mitglied des Uchiha-Clan, obwohl er das Sharingan besitzt. Dieses wurde ihm implantiert von seinem Freund Obito Uchiha.
Das ByakuganDas Byakugan ist ein Dou-Jutsu und das Kekkei Genkai des Hyuuga-Clan. Es wird vermutet, dass sich das Sharingan des Uchiha-Clan aus dem Byakugan des Hyuuga-Clans entwickelt hat. Der Benutzer des Byakugan ist in der Lage, das Chakrasystem im Körper zu sehen. Außerdem hat man einen Blickwinkel von 360°(Neji Hyuuga hat jedoch einen 1° toten Winkel aufgrund des Bannmales auf seiner Stirn, welches versteckt unter seinem Stirnband liegt). Man kann auch sehr kleine Dinge wie z.B. Insekten auf größere Distanz erkennen. Deswegen wird das Byakugan auch das "Durchschauende Auge" genannt.
ShikotsumyakuDer Kaguya-Clan ist in der Lage, seine Knochen als Waffe zu benutzen. Man nennt dieses Bluterbe auch "Shikotsumyaku". Anders als bei normalen Menschen ist bei ihnen die Anzahl der Knochen nicht begrenzt, weswegen sie sich sogar ihre Wirbelsäule rausreißen können und ihre Fingerkuppeln als Geschoss verwenden können. Der Kaguya-Clan lebte nur, um zum kämpfen, weswegen sie Kirigakure angriffen. Gegen eine solche Ninjaarmee wie die Kirigakures hatte der Kaguya-Clan keine Chance, weswegen alle bis auf Kimimaro Kaguya starben. Diese starb später an einer Krankheit, weswegen der gesamte Kaguya-Clan nicht mehr existiert.
Haku hatte ein Kekkei Genkai, mit dessen Hilfe er Eis formen konnte. Außerdem konnte er sich mit dem Eis verschmelzen und sich so in Lichtgeschwindigkeit bewegen. So war Haku z.B. in der Lage, viele Eisspiegel zu formen, durch die er sich dann mit Lichtgeschwindigkeit bewegte und immer Nadeln warf. Der Clan von Haku ist leider nicht bekannt, da dieser Clan zu jenen gehörte, die von Leuten getötet wurden, wie z.B. Hakus Mutter von Hakus Vater, der kein Clan-Mitglied war, getötet wurde. Die Leute aus diesem Clan versteckten sich deswegen oder taten so, als hätten sie diese Fähigkeit nicht.
Souma no kouSouma no kou ist ein Kekkei Genkai, das die beiden Brüder Sakon und Ukon besitzen. Ukon ist es möglich, in Sakons Körper zu wohnen und einzelnde Gliedmaßen aus Sakons Körper herauszustrecken. Die beiden können ihre Körper auch trennen, allerdings tun sie dies meist nur im Kampf. Welchem Clan das Bluterbe angehört oder ob es noch mehr Personen besitzen, ist unbekannt
Rin'ganDas Rin'negan von Paine ist auch ein Kekkei Genkai und das Stärkste Dou-Jutsu. Mit ihm kann man unteranderem wohl alles sehen, was ein anderer, der das Rinnegan besitzt, sieht.
Ranmaru hat auch ein Dou-Jutsu Kekkei Genkai. Mit diesem kann er mehrere Meter durch Wände, Gestein ...usw. sehen und auch (ähnlich wie das Byakugan) Chakra wahrnehmen. Allerdings kann er nicht genau sagen, wo die Chakrapunkte sind. Dafür hat Ranmaru die Fähigkeit, genau zu erkennen, ob ein Wesen noch lebt. So bemerkte er, dass Raiga noch lebt, obwohl ihn Neji mit seinem Byakugan für tot hielt.